Damit die Kommunikation in Glasfaser-Systemen funktioniert, müssen sich Sender und Empfänger über die Pegel der Lichtleistung austauschen – in FibreChanel kommen kurzwellige wie auch langwellige Systeme vor. Die Prozedur zum Austausch, also der Initialisierung eines Netzes, heißt OFC (Optical fiber control) und dauert rund 10 Sekunden. Netz-Topologien wie der Arbitrated Loop arbeiten mit sogenannten Non-OFC-Verfahren, um eine längere Initialisierungszeit zu umgehen. Allerdings müssen die Receiver hier eine höhere Lichtempfindlichkeit aufweisen.